En su nivel secundario, El Obraje ofrece una formación técnica de alta calidad a sus estudiantes. El trayecto escolar está constituido por dos ciclos formativos:
Primer cíclo
Comprende a los primeros tres años, en los que se estudia la formación básica común a todos los secundarios. A esto, se le agregan asignaturas técnicas específicas de taller (taller de carpintería, mecanizado, electricidad y soldadura, laboratorio de química e informática y dibujo técnico).
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Segundo cíclo
Posteriormente, los estudiantes realizan un ciclo de especialización de cuatro años, en el que tienen la posibilidad de capacitarse en una de las tres orientaciones que ofrece el Colegio:
